民國 84 年 3 月 1 日全民健保實施後，確實落實了「人人有保險、處處有病看」，實在是政府的一大德政。但由於支付制度之設計，再加上醫療費用成長遠高於保費收入成長，使得健保局面臨到相當吃緊的財務危機。在無法調整保費的情況下，健保局加強節流的措施，例如：嚴格的醫療審核、提高部分負擔、合理門診量制度等，而其中最有效也影響最大的就是總額支付制度。為因應財務危機，健保局已於 87 年率先實施牙醫門診總額支付制度，在於 89 年 7 月實施中醫門診總額支付制度；為了更有效的控制醫療費用成長，中央健康保險局自民國 90 年 7 月至 91 年 12 月實施第一期西醫基層總額支付制度。

總額預算支付制度，是指健康保險機構或政府預先對某類醫療服務以協商的方式訂定年度預算，以涵蓋一年內所提供醫療服務之費用。並且由上而下的分配預算費用，為一種可確保保險財務平衡的制度。其做法可分成二種類型；支出上限制（ Expenditure cap ）及支出目標制（ Expenditure target ）。

支出上限制（ Expenditure cap ）：預先依據醫療服務之成本及預估服務量之成長率，設定健康保險支出的年度預算總額。醫療服務是以相對點數反映各項服務成本，惟每點支付金額是採回溯性計價方式，由預算總額除以實際總服務量（點數）而得；當實際總服務量點數大於原先協議的預算總額時，每點的支付金額將降低，反之將增加。由於固定年度總額預算而不固定每點支付金額，故可精確的控制年度醫療費用總額，如西德的門診就是採用此一方法。再住院部門實施總額預算支付制度的國家亦大多採用此方法。在此一規則下若醫療服務量之上漲率高於預算，則將使支付的價格下跌，並且會使醫療提供者陷入一個「囚犯困境」。意指當甲提供較多的醫療服務，而乙提供較少的醫療服務，此時總服務量未超量，則甲醫療提供者即獲得較多的預算分配；但是，若甲和乙二者皆提供超量的醫療服務時，則總服務量超過預算，支付的單位價格下降，使得甲、乙二者獲得相同的預算分配，且使用的醫療成本也相對增加。因此若無客觀公正的審核制度與審查委員，則將發生「劣幣驅逐良幣」的結果。

支出目標制（ Expenditure target ）：預先設定醫療服務支付價格及醫療服務量可容許之上漲率，當醫療服務量低於預先設定之目標時，將會有盈餘；但實際利用量超過目標時，超出的部分將打折支付，以適度反映醫療服務變動成本之支出，因此實際支出可能超出原先設定的目標。德國住院部門配合論日計酬採支出目標之做法，加拿大亦有數省採行此方式支付醫師費用。

總額預算費用之計算方式：年度總額預算＝基期年人平均費用×（ 1 ＋協商因素＋人口結構改變率＋醫療服務成本指數改變率）×實際投保人數。西醫基層第一期醫療費用總額＝ 88 年 7 月至 89 年 12 月每人之醫療給付費用× 1 ＋協商因素 1.616 ﹪＋人口結構改變率 0.29681 ﹪＋醫療服務成本指數改變率 1.81391 ﹪）×實際投保人數，表示西醫基層第一期醫療費用成長率為 3.727 ﹪。

總額預算支付制度之優點：

總額預算支付制度之缺點：

儘管醫界對於總額預算制度尚有諸多疑問，但健保局繼牙醫、中醫之後，線已開始對西醫診所推動總額預算支付制度，並且西醫醫院的總額支付制度也正如火如荼的籌備中。將來醫療院所的經營勢必大受影響，因此各醫療院所應及早訂定因應對策尋求生存之道。